Do 11 roku życia Jacek wychowywał się pod okiem rodziców, Juliana oraz Marii z Korwin Szymanowskich. W domu Malczewskich częstą lekturą były dzieła Dantego i Szekspira, przede wszystkim jednak panował prawdziwy kult poezji romantycznej. Ojciec, aż do swej śmierci, miał pozostać dla syna autorytetem i powiernikiem.
Gdy wybuchło Powstanie Styczniowe 9-letni chłopiec śledził wydarzenia i głęboko przeżywał powstańczą klęskę.
W 1867 roku rodzice wysłali Jacka do majątku wuja Feliksa Karczewskiego w Wielgiem. Tam, wraz z kuzynami i bratem ciotecznym, Malczewski przygotowywał się do gimnazjum. Jego nauczycielem był przyrodnik i pisarz Adolf Dygasiński (1839-1902).
W Wielgiem chłopiec poznał życie wsi: odwieczny rytm pór roku, folklor, obyczaje i tradycje, a przede wszystkim przyrodę, powietrze i światło, którym miał pozostać wierny w swych obrazach. Tu właśnie po raz pierwszy ujawnił się jego rysunkowy talent: powstają nieśmiałe próby studiów z natury i kopie z rycin Gustava Dore (1832-1883). Po latach, dojrzały już malarz przyzna, że jego osobowość ukształtowała się w czasie pobytu w Wielgiem.
W 1871 r. 17-letni Jacek Malczewski kontynuował naukę w Krakowie, gdzie zaborca pozostawił szkołom nieco swobody. Młody człowiek został zatem uczniem prestiżowego gimnazjum św. Jacka, a opiekę ogólną sprawował nad nim w dalszym ciągu Adolf Dygasiński, który zapisał również swego podopiecznego na lekcje rysunku prowadzone przez Leona Piccarda.
Jesienią 1872 roku, będąc wciąż gimnazjalistą Malczewski zaczął uczęszczać jako wolny słuchacz do Szkoły Sztuk Pięknych. Trafił tam pod opiekę Władysława Łuszczkiewicza (l828-1900), który zauważył zdolnego ucznia.
Jan Matejko (1838-1893) stwierdził "niepośledni talent malarski" i osobiście zwrócił się do Juliana Malczewskiego, aby ten pozwolił synowi opuścić gimnazjum i poświęcić się wyłącznie studiom w szkole artystycznej.
W lutym 1873 roku Malczewski został przyjęty na pierwszy rok studiów w krakowskiej Szkole Sztuk Pięknych, lecz z trudem mieścił się w kanonach szkolnej edukacji.
Mając lat 21 przeżywał swój pierwszy kryzys wiary w autorytety: kwestionował wartość Szkoły i nauczanie Matejki. Zaniedbywał zajęcia i coraz poważniej myślał o wyjeździe za granicę. Przeżywał też pierwszą, młodzieńczą miłość: w czasie letnich wakacji spędzonych w rodzinnych stronach zakochał się z wzajemnością w kuzynce, Wandzie Karczewskiej. Nie było jednak idylli. Ojciec Wandy nawet słyszeć nie chciał o podobnym związku. Był to trudny okres w życiu szukającego samodzielności, początkującego artysty.
Jego niechętny stosunek do Szkoły i plany wyjazdu wzbudziły niepokój Matejki. Mistrz uważał, że za granicę winni jeździć malarze już uformowani. Napisał zatem ponownie do Juliana Malczewskiego i poprosił, by ten odwiódł syna od zamiaru studiów zagranicznych. Raz jeszcze głos Matejki przeważył, od jesieni 1875 roku Malczewski studiował w jego pracowni. Tymczasowo zażegnany konflikt wybuchł z nową siłą wiosną 1876 roku, kiedy Matejko zabronił Malczewskiemu przyjąć zlecenia na dwa obrazy religijne. Jacek miał dość krakowskiej szkoły "chcę inaczej malować jak Matejko, jak wszyscy malarze świata, chcę malować świat żyjący (...) rzeczywistość, prawdę...". Wobec takiej determinacji Matejko i ojciec ulegli.
W październiku młody artysta był już w Paryżu, gdzie wstąpił do Ecole des Beaux-Arts i podjął naukę w pracowni Ernesta Lehmanna.
Malczewski zwiedzał muzea i galerie, poznawał nowoczesne malarstwo. Chociaż marzył o Paryżu, zaczął tęsknić za krajem. Paryskie noce spędzał na przywoływaniu w pamięci obrazów Polski, rozmyślał nad losem polskich emigrantów, wczytywał się w Słowackiego. W czasie pobytu artysty w Paryżu, zrodziła się koncepcja serii obrazów o wymowie patriotyczno-martyrologicznej inspirowana poematem "Anhelli" (1837) Juliusza Słowackiego i rozbudowywana - w zmienionej formule stylistycznej - jeszcze we wczesnych latach 90. Powstały wtedy pierwsze rysunkowe koncepcje jego najsłynniejszych, wczesnych obrazów Śmierć Ellenai i Niedziela w kopalni. Przenikający utwory Słowackiego mistycyzm i mesjanistyczna wiara w przyszłe odrodzenie narodu poprzez doznane cierpienia znalazło swe odbicie w nawiązującym bezpośrednio do poetyckiego wątku Anhellego wspomnianym już obrazie Śmierć Ellenai.
Jesienią 1877 roku Malczewski wrócił do pracowni Matejki. Ojciec Wandy Karczewskiej brutalnie zerwał jej potajemne zaręczyny z Jackiem.
W wieku 25 lat Malczewski zrezygnował z nauczycieli i rozpoczął samodzielną karierę. Wiele czasu poświęcał na podróże.
W 1880 roku wraz z Marcelim Czartoryskim zwiedzał północne Włochy, pojechał do Lwowa, a lato 1883 roku spędził w Horodyczach na Podolu.
Jesienią 1884 roku wziął udział w wyprawie archeologicznej do Azji Mniejszej, zorganizowanej przez Karola Lanckorońskiego. Z Lanckorońskim połączyła Malczewskiego wieloletnia przyjaźń, która była dla niego wielką pomocą w ciężkich chwilach po śmierci ojca w styczniu 1884 roku. Od tego też czasu zaczął się pojawiać i już stale miał powracać motyw śmierci.
W roku 1885 Malczewski wyjechał do Monachium, drugiego obok Paryża ośrodka studiów polskich malarzy. Trafił tam do polskiej kolonii, skupionej wokół Józefa Brandta (1841-1915) i Alfreda Wierusz-Kowalskiego (1849-1915).
Po sześciu miesiącach pobytu w Monachium technika malarska Malczewskiego zaczęła ewoluować; kompozycja zaczęła stawać się bardzie wypracowana a paleta barw rozszerzyła się o kolory bardziej wyrafinowane.
W listopadzie 1886 roku Malczewski zaręczył się z córką krakowskiego aptekarza, Marią Gralewską. Już niecały rok później zostali małżeństwem i zamieszkali w krakowskiej kamienicy Gralewskich. Dwa lata później malarz został ojcem Julii, zaś po
Wkrótce też Malczewski zaczął zyskiwać uznanie jako malarz. Otrzymał kilka ważnych nagród zarówno w kraju jak i za granicą.
W roku 1892 pojednał się z Matejką, który odwiedził go w pracowni.
W latach 1894-97 doszło do zasadniczej zmiany w twórczości artysty. Porzucił on dotychczasową realistyczną manierę i zaczął tworzyć obrazy symboliczne. Zaangażował się również w działalność dydaktyczną; wykładał na kursach im. Branieckiego, gdzie malarstwa mogły się uczyć kobiety nie przyjęte do Szkoły Sztuk Pięknych. Później Malczewski uczył również w zreformowanej przez Juliana Fałata Szkole Sztuk Pięknych.
W roku 1897 Jacek Malczewski został jednym z członków-założycieli "krakowskiej secesji", czyli Towarzystwa Artystów Polskich "Sztuka". Mimo swojej niechęci do środowiska Młodej Polski malarz bywał również w jej salonach i kawiarniach. Był niewątpliwie postacią popularną. Nawet w kabarecie "Zielony Balonik" pojawiła się kukiełka – Jacek Symbolewski, nawiązująca do symboliki zawartej w obrazach Malczewskiego.
W 1898 roku głęboko przeżył śmierć matki. Wtedy to, z owładniętej obsesją śmierci symbolistycznej ikonografii Malczewski wysnuł wątek Thanatosa, sięgając do antycznych źródeł europejskiej kultury. Powstało wówczas szereg obrazów ujmujących motyw śmierci w sposób alegoryczny (Thanatos, Thanatos I, Thanatos II). Mitologicznemu bogowi śmierci nadał Malczewski - przewrotnie - postać młodej kobiety z kosą w dłoniach. O jej nadprzyrodzonej naturze świadczą skrzydła o dekoracyjnym zarysie. Jednocześnie dorodne kształty jej ciała kierują skojarzenia ku nierozwiązywalnemu splotowi materii i ducha, sfery zmysłowości ze spirytualnym pierwiastkiem, uwypuklonej po wielekroć przez symbolistów więzi Erosa z Thanatosem.
Od 1899 roku Malczewski rezydował już na Zwierzyńcu w Willi "Pod Matką Boską". Te podkrakowskie wówczas okolice coraz częściej zaczynały pojawiać się na jego płótnach.
Indywidualizm i bezkompromisowość Malczewskiego dały o sobie znać ponownie w roku 1900, kiedy to na skutek konfliktu z Fałatem opuścił stanowisko profesora Akademii Sztuk Pięknych.
Kolejne nagrody i wiele retrospektywna wystawa we Lwowie w 1903 roku stały się świadectwem jego pozycji w świecie sztuki. Nastąpił najbardziej płodny i dojrzały okres w jego twórczości. Powrócił motyw Ellenai w odmiennym układzie kompozycyjnym i stylistycznym ujęciu. Był on kluczowy dla serii czterech powstałych w latach 1906-1908 obrazów olejnych o wspólnym tytule Śmierć Ellenai, w których pobrzmiewał ton goryczy po utracie nadziei na odrodzenie ojczyzny, jakie w 1905 roku rozbudził wybuch wojny japońsko-rosyjskiej.
Ideowy rozrachunek z kwestią narodowo-wyzwoleńczą nabrał znów optymistycznego wydźwięku w monumentalnych, kolorystycznie ekspresyjnych obrazach o śmiałym skrócie perspektywicznym i zintensyfikowanym iluzjonizmie form - Eloe z Ellenai (1908-1909), Eloe (1909) i Eloe unosząca Ellenai (1910). Tu ciało martwej zesłanki unosi na swych tęczowych skrzydłach ku wieczności Eloe, jedna z figur wielokrotnie przywoływanych w malarstwie zafascynowanego Słowackim artysty.
Jednak Malczewski jakby nie cenił sobie stabilizacji. Mniej więcej w tym czasie jego życie osobiste skomplikowało się. Sprawczynią zamieszania stała się piękna Maria Balowa, żona starosty Adama Bala. Pani Balowa grała w życiu Malczewskiego rolę "femme fatale", zaś Kraków aż się trząsł od plotek.
Towarzyski skandal osiągnął apogeum, gdy w 1906 roku malarz ze swą nową muzą udał się do Włoch. Uroda Marii Balowej opanowała wyobraźnię Malczewskiego. Malarz wielokrotnie ją portretował i nadał jej rysy postaciom Chimer oraz Polonii.
Artysta wzbudzał tez kontrowersje w świecie artystycznym. W 1908 roku wziął udział w wystawie grupy "Zero", która protestowała przeciw zamianie towarzystwa "Sztuka" w ekskluzywny klub towarzyski.
W 1910 roku Malczewski skorzystał z możliwości powrotu na Akademię Sztuk Pięknych, po ustąpieniu z niej Fałata i wyborze na rektora Teodora Axentowicza (1859-1938).
W 1912 roku malarz sam objął funkcję rektora Akademii, która pełnił do wybuchu I wojny światowej.
Do historii przeszedł jego sprzeciw wobec obowiązku noszenia austriackiego munduru reprezentacyjnego, który był dlań mundurem zaborcy.
W sferze artystycznej Malczewski współpracował jednak z Wiedniem. Wśród znaczących osiągnięć tego czasu należy wspomnieć indywidualną wystawę w Pawilonie Wiedeńskiej Secesji w 1911 roku.
Początek I wojny światowej malarz spędził w Wiedniu. W 1916 roku powrócił do Krakowa i zamieszkał przy ul. Krupniczej 8. Podjął pracę na Akademii i malował obrazy inspirowane wydarzeniami wojennymi.
Kiedy skończyłą się wojna 64-letni artysta znalazł się w zupełnie nowej rzeczywistości. Z jednej strony był niekwestionowaną sławą, a z drugiej zdawał sobie sprawę, że jego malarskie wizje należą do przeszłości. Już w latach wojny Malczewski rozpoczął obrachunki z własnym życiem; powstał wtedy wzruszający cykl obrazów Moje życie, w którym motyw szczęśliwego dzieciństwa wiąże się nierozerwalnie ze świadomością schyłku życia i refleksją nad tym, co drogę życiową wypełniało. Splatanie się pamięci wizualnej z emocjami powoduje, że ukazany wycinkowo w dziewięciu obrazach pejzaż rodzinnego majątku w Wielgiem stanowi kwintesencję polskiego krajobrazu. Wizja twórcza przeobraziła go w symbol raju utraconego w wymiarze egzystencjalnym, a odzyskanego w rzeczywistości transcendentnej.
Coraz częściej artysta malował również autoportrety a w jego dziełach pojawiał się motyw rozstania z własną twórczością. Autoportrety Malczewskiego stanowią osobny i bogaty nurt w jego sztuce. Wizerunki własne twórcy malowane były w realistycznej konwencji w otoczeniu bohaterów jego kompozycji - Eloe, Ellenai, muz, Meduz, faunów, chimer i dziewcząt w ludowych zapaskach.
W 1921 roku Malczewski ustąpił z funkcji profesora krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych.
W 1923 roku namalował tryptyk Mój pogrzeb. Były to także lata oficjalnego uznania. Otrzymał wówczas order Polonia Restituta IV klasy, w 1924 roku oficjalnie świętowano jubileusz siedemdziesiątych urodzin artysty i 5O-lecia jego pracy twórczej. Wystawy jubileuszowe odbywały się w Krakowie, Poznaniu, Warszawie, Lwowie.
W 1927 roku malarz otrzymał nagrodę artystyczną miasta Warszawy, a na Wystawie Krajowej w Poznaniu w roku 1929 Wielki Złoty Medal.
Na stare lata malarz powoli tracił wzrok a w końcu musiał przestać malować, co było dlań powodem do smutku.
Malczewski umarł 8 października 1929 roku. Zgodnie z życzeniem został pochowany we franciszkańskim habicie tercjarskim, w którym przed laty się portretował. Jego prochy złożono w Krypcie Zasłużonych w krakowskim kościele na Skałce.
Jacek Malczewski był inicjatorem i czołowym reprezentantem symbolizmu w polskim malarstwie przełomu XIX i XX wieku. Twórczość malarska artysty koncentrowała się wokół kilku tematów, które wciąż powracały rozwijane, przekształcane i wzajemnie ze sobą splatane. W
Jego sztuka była prawdziwą mieszanką – łączy erotyzm z mistycyzmem, folklor z antykiem a patos z ironią i kpiną. Obrazy są teatralne ze swymi krzykliwymi kolorami i zawiłymi łamigłówkami symboli. Wyobraźnia malarza stworzyła jednak świat niebywale wyrazisty przez co od lat wzbudzają skrajne emocje i nikt nie przechodzi obok nich obojętnie.
